Proje Adı: Çoklu İlaç Dirençli Salmonella İzolatlarındaki Plazmidlerin Çeşitliliği ve İletişim Kabiliyetleri
Proje Özeti: Salmonella 2012’de Avrupa Birliği (AB) genelinde 91,034 doğrulanmış hastalık sayısıyla, insanlarda hastalığa sebep olan hayvan kaynaklı etmenler içerisinde ikinci en yaygın gözlenendir. 2011 yılında AB’de rapor edilen, doğrulanmış insan salmonellosis vakalarından izole edilen ve tifo ve tifo benzeri hastalıklara neden olmayan Salmonella izolatlarının yaklaşık olarak %26’sı bir ya da daha fazla antimikrobiyale dirençlilik göstermiştir. Amfisilin, tetrasiklin ve sulfonamidler için yüksek dirençlilik seviyesi gözlenmiştir. Salmonella enfeksiyonları insan sağlığını tehlikeye atmakla beraber hastalık ve kontamine olmuş gıda tedarikçilerine bağlı ekonomik masraflara da sebep olmaktadır.
Türkiye kendi gıda ihtiyacını karşılayabilen bir ülkedir (kümes hayvancılığı, taze meyve ve sebze tarımı, fındık ceviz gibi sert kabuklu tohum üetimi gibi). Türkiye aynı zamanda Avrupa Birliği’ne taze meyve-sebze ve işlenmiş gıda ihracatı yapan ülkelerin başında gelmektedir. Birleşmiş Milletler Gıda ve Tarım Örgütü’nün (FAO) en son tarihli verisi olan 2011 rakamlarına göre, Türkiye’de 1 milyon 613 bin 310 ton tavuk eti üretmiş ve Türkiye Ziraat Odaları Birliği’nin 2013 yılı verilerine göre ise Türkiye’nin 2013 yılının ilk beş aylık bölümündeki tavuk eti ihracatı 247 milyon 493 bin doları bulmuştur. Gıda tedariğindeki küreselleşme, uluslararası gıda ticareti ve yüksek yoğunlukta gerçeklestirilen tarımsal faliyetler çoklu antimirobiyal dirençli Salmonella ortaya çıkışını ve yayılımını kolaylaştırmış; böylece bu türün geniş alanlarca yaygınlaşması mümkün olmuştur. Buna ek olarak tarımsal faaliyetlerin dünyanın farklı bölgelerinde değişim göstermesi, farklı türde özellik gösteren çoklu antimikrobiyal dirençliliğe sahip Salmonella’ların ortaya çıkmasına sebep olmuş ve Salmonella’nın küresel yayılımını etkilemiştir. Salmonella ve diğer Enterobacteriaceae’da görülen çoklu antimikrobiyal direnç kazanımı ve transferi henüz açıklanamamış olmasına karşın, çoklu antimikrobiyal dirençliliğe sahip Salmonella’nın dünya genelinde artışına sebep olmuştur. Çoklu antimikrobiyal dirençli türün varlığının ve yayılışının belirgin olarak artmasının sebebinin gıda dağıtım zincirinden kaynaklandığı bilinmektedir. Bununla birlikte çoklu antmikrobiyal dirençlilik kodlayan gen çeşitliliği ve bu genlerin türden türe geçişini sağlayan genetik temelli mekanizmalar hakkında çok az bilgi mevcuttur. Teklif ettiğimiz bu çalışmada amacımız çoklu antimikrobiyal dirençliliğe sahip Salmonella hakkında kapsamlı bir değerlendirme sağlamak ve dirençlilik genlerinin yayılım mekanizmalarını tanımlamaktır. Amaçlarımız şu şekildedir:
(i)
Salmonella izolatlarında ve patojen olmayan E. coli’lerde bulunan hareketli genetik elemanların çeşitliliğini değerlendirmesi – Çoklu antimikrobiyal dirençliliğe sahip Salmonella, özellikle serovar Infantis ve patojenik olmayan E.coli’ler gıda kaynaklarından izole edilecektir. Patojenik olmayan E.coli’lerin izole edilmesinin sebebi bu türün gıdalar için çoklu antimikrobiyal direçliliğe sahip belirgin bir plazmid rezervuarı olmasıdır. Daha önceki çalışmalarımızdan elde edlen ve databankamızda saklanılan Salmonella ve patojenik olmayan E. coli izolatları da bu çalışmaya dahil edilecektir. Bu izolatların plazmidleri izole edilecek ve moleküler metodlar yardımıyla çeşitlilikleri nitelendirilecektir.
(ii)
Salmonella ve patojen olmayan E. coli izolatlarının fenotipik ve genotipik karakterleri saptanması – İzolatlar serotiplendirme, disk difüzyon, Multi Lokus Sekans Tiplendirme (MLST) ve Vuruşlu Alan Jel Elektroforezi (PFGE) ile alt tiplerine ayrılacaktır. Daha sonra antimikrobiyal duyarlılık ve virulans genleri plazmidlerde ya da genomda olmalarına göre araştırılacaklardır.
Antibiyotik dirençlilik genlerinin transferini etkileyen faktörlerin belirlenmesi - Genomik analizlerden elde edilen verilere göre kendilerine özgü şekilde antibiyotik dirençlilik gen bölümleri içeren tipler seçilecek ve farklı tip gruplarının bu genleri diğer türlere aktarabilme becerisi belirlenecektir. Antimikrobiyal dirençlilik kazanma yeteneği değişen tiplerdeki plazmidler için görülen yatay gen transferini kolaylaştıran veya kısıtlayan gen bölümleri belirlenecektir. Böylece yatay gen transferini kontrol etmeye yönelik hedefler belirlenebilecektir.