Projenin adı: Gıda Kaynaklı Patojenlere Karşı Bakteriyofajlar ve Endolizinleri
Projenin Amacı ve Kapsamı
Bu proje, Türkiye’de gıda güvenliği açısından kritik öneme sahip Salmonella enterica, Escherichia coli ve Listeria monocytogenes patojenlerine karşı etkili biyokontrol ajanlarının geliştirilmesini amaçlamaktadır. Çalışma kapsamında, bu patojenleri hedefleyen bakteriyofajların ve faj kaynaklı endolizin enzimlerinin izolasyonu, karakterizasyonu ve uygulama potansiyelleri değerlendirilmiştir.
Proje süresince Türkiye’nin 7 coğrafi bölgesinden, 4 mevsime yayılan bir örnekleme stratejisi ile toplam 206 çevresel örnek toplanmıştır. Bu örnekler; büyükbaş dışkısı, kanatlı dışkısı, atıksu ve Listeria için ek çevresel kaynaklardan elde edilmiştir. Yapılan izolasyon çalışmaları sonucunda 30 Salmonella, 54 E. coli ve 1 Listeria monocytogenes izolatı elde edilmiştir. Bu izolatları enfekte eden toplam 182 bakteriyofaj izole edilmiş; konak aralığı testleri sonucunda 20 Salmonella fajı ve 3 E. coli fajının geniş konak aralığına sahip olduğu belirlenmiştir. Geniş konak aralıklı fajlar, biyokontrol uygulamaları açısından öncelikli adaylar olarak seçilmiş ve bu fajların tüm genom dizileme analizleri Oxford Nanopore teknolojisi kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Elde edilen genomik ve fenotipik veriler, faj temelli biyokontrol stratejilerinin bilimsel altyapısını oluşturmuştur.
Proje Kapsamında Yürütülen Çalışmalar
Proje kapsamında izole edilen geniş konak aralıklı fajlar kullanılarak faj kokteylleri oluşturulmuş; bu kokteyllerin etkinliği hem gıda model sistemlerinde hem de biyofilm uzaklaştırma deneylerinde test edilmiştir. Ayrıca seçili fajlardan elde edilen endolizin genleri klonlanarak rekombinant olarak üretilmiş, farklı uygulama kombinasyonlarıyla antimikrobiyal aktiviteleri değerlendirilmiştir. Bu çalışmalar, faj ve endolizin temelli biyokontrol yaklaşımlarının ülkemizde uygulanabilirliğine yönelik önemli bulgular ortaya koymuştur. Proje kapsamında 2 adet çalıştay gerçekleştirilmiştir.
Kurumlar Arası Eğitim, Yöntemlerin Standardizasyonu ve Çalıştaylar
Bakteriyofaj Çalıştayı – 10 Mart 2022
Proje kapsamında düzenlenen ilk çalıştay, kurumlar arası iş birliğini güçlendirmek, kullanılan yöntemleri optimize etmek ve standartlaştırmak amacıyla gerçekleştirilmiştir. Bu çalıştay yalnızca proje paydaşlarının katılımıyla yapılmış olup, örnekleme süreçleri ve bakteriyofaj izolasyonuna yönelik ortak protokoller üzerinde uzlaşı sağlanmıştır. Böylece proje süresince yürütülen tüm deneysel çalışmaların uyumlu ve tekrarlanabilir şekilde ilerlemesi sağlanmıştır.
Bakteriyofaj Genom Analizlerinde Yeni Nesil Dizinleme Çalıştayı – 25 Nisan 2025
İkinci çalıştay, Bakteriyofaj Genom Analizlerinde Yeni Nesil Dizinleme başlığıyla ODTÜ Gıda Mühendisliği’nde yüz yüze olarak düzenlenmiştir. Türkiye’nin farklı kurumlarından 15 araştırmacının katıldığı etkinlikte, faj izolasyonundan DNA hazırlığına, Oxford Nanopore cihazı ile genom dizileme aşamalarından biyoinformatik analizlere kadar tüm süreçler uygulamalı olarak aktarılmıştır. Çalıştay sonunda tüm katılımcılara katılım sertifikası takdim edilmiştir.
Genel Değerlendirme
Bu proje, Türkiye’de bugüne kadar gerçekleştirilen en kapsamlı faj–endolizin ekolojisi çalışması olma özelliğini taşımaktadır. Geniş ölçekli örnekleme, genomik analizler ve uygulamaya yönelik deneyler sayesinde, faj ve endolizin temelli biyokontrol stratejilerinin ülkemizde gıda güvenliği alanında kullanılabilmesi için güçlü bir bilimsel zemin oluşturulmuştur.